สาเหตุส่วนใหญ่ของการแท้งที่เกิดขึ้นเองในช่วงไตรมาสแรกคือความผิดปกติของโครโมโซมของตัวอ่อนหรือทารกในครรภ์ คิดเป็นอย่างน้อย 50% ของการสูญเสียการตั้งครรภ์ระยะแรกตัวอย่าง สาเหตุอื่นๆ ได้แก่โรคหลอดเลือด (เช่น โรคลูปัส ) เบาหวานปัญหาเกี่ยวกับฮอร์โมนอื่นๆการติดเชื้อ และความผิดปกติของมดลูก อายุของมารดาที่มากขึ้นและประวัติการแท้งโดยธรรมชาติของผู้หญิงก่อนหน้านี้เป็นสองปัจจัยหลักที่เกี่ยวข้องกับความเสี่ยงที่มากขึ้นของการแท้งที่เกิดขึ้นเอง การแท้งที่เกิดขึ้นเองอาจเกิดจากการบาดเจ็บ โดยไม่ได้ตั้งใจ การบาดเจ็บโดยเจตนาหรือความเครียดที่ทำให้เกิด การทำแท้ง ถือเป็นการชักนำให้เกิดการทำแท้งหรือfeticide